百花山*********自然保护区属于森林生态系统保护类型，主要保护对象是暖温带华北石质山地次生落叶阔叶林生态系统及珍稀保护动物及其种群。 

北京百花山自然保护区已知陆栖野生脊椎动物20目47科169种，其中，兽类6目13科25种，鸟类11目27科131种，爬行类2目3科7种，两栖类1目4科6种。另外，已查明的昆虫种类10目73科1000余种。*********重点保护的野生动物有褐马鸡、金雕、金钱豹等14种。 

北京百花山自然保护区的兽类，以啮齿目动物占优势，占整个兽类种数的40%；食肉目次之，占24%；其次是食虫目，占16%；翼手目和偶蹄目都占8%；兔形目最少，占4%。保护区的鸟类共11目，雀形目占绝对优势，占保护区整个鸟类的80%；隼形目占4.62%；鴷形目3.07%；鸡形目、鹃形目、鴞形目均占2.31%；鸽形目、雨燕目均占1.54%；鹳形目、夜鹰目、佛法僧目均占0.77%。两栖爬行类中，无尾目6种，占保护区整个两栖爬行类的46.15%；蛇目5种，占38.46%；蜥蜴目2种，占15.39%。 

百花山自然保护区高等植物共计131科，485属，1100种（包括亚种、变种、变型等）。其中，苔藓植物17科、25属、30种，蕨类植物13科、21属、38种，裸子植物4科、7属、19种，被子植物97科、432属、1013种，分别占北京市植物总科数的69%、总属数的51%、总种数的49%。特有种类有百花山花楸、百花山柴胡、百花山葡萄、百花山毛苔草、百花山鹅观草等5种；国家重点保护植物有紫椴和黄檗等2种；《濒危野生动植物种国际贸易公约》（附录Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ）的植物种共有17种，均为兰科植物。